كشف تقرير الجهاز المركزي للمحاسبات عن الأداء المالي للهيئة القومية لسكك حديد مصر عن وجود مخالفات في العام المالي ٢٠٠٣/ ٢٠٠٤ ومنها بلوغ العجز المرحل منذ عام ١٩٨٨ وحتي ٣٠/٦/٢٠٠٤ نحو ٠٢٢،١٢ مليار جنيه.